Kinetis MCUでは、内蔵フラッシュの0x0_0400~0x0_40FにFlash Configurtion Fieldが配置されており、その中の0x0_040CのFlash security byteの下位2ビットを10以外に設定し、リセットするとセキュア状態に移行するため、デバッグポートやEzPortなどの外部インターフェースから内蔵フラッシュの内容を読み出せないように設定出来ます。
セキュア状態では、外部からはセクタ消去や書き換えも出来ないため、書き換えるためには内蔵フラッシュを全て消去する必要があります。
但し、Flash security byteには、全て消去する処理をディセーブルに設定するビットも含まれていますので、ご注意ください。