dtsファイルで、周波数を2MHzと設定することで、ソフトウェア（NXP Linux BSP）は2MHzより低い速度を選択します。
指定する周波数を2.1MHzとしてください。

LS1046Aにて、プラットフォームクロックが400MHzの場合、SPI モジュールへの入力クロックは200MHzになります。
さらに、PBR=01(3)、BR=101(32)と設定すると、分周器は96となります。

これにより、SPIバスの速度は200/96 = 2.08MHzで、 2MHz以上の値となります。
この時、指定する周波数を2.1MHzとする必要があります。