はい、出力されます。
CLK_OUTからDIFF_SYSCLKに入力されている周波数で出力することは可能です。
以下、設定値です。
Clocking_CLKPCSR[CLKOEN](bit15) = 1 : Enable CLK_OUT pad
Clocking_CLKPCSR[CLKOSEL](bit16-20) = 11111 : echoes SYSCLK pin
Clocking_CLKPCSR[CLKODIV](bit21-22) = 00 : no division (divided-by-1)