■Projectの作成方法
CodeWarriorにてNew Projectを作成する際に、"bareboard project" を選択します。

"Configurations" ウィンドウでは "AMP(One project per core)" を選択し、使用したい複数のCore（スレッドの表示です）を選択します。

この場合、Core0とCoreX(ユーザ任意)の指定が必要です。これにより複数のProjectが作成されます。

■複数のProjectの実行方法
CodeWarriorにて、CodeWarrior Projectsタブから、まず1つ目のCore0のProjectを選択した状態で、RunメニューからDebugを実行します。
次に、Core0側のプロジェクトのDebug が実行されている状態で、Window メニューから、New Window をクリックします。 
新たに表示されたCodeWarrior のWindowのDebug画面から、右上にある、C/C++ 表示のアイコンをクリックし、CodeWarrior Projectsの画面を表示させ、ユーザ任意のCoreXのProjectを選択した状態で、同様にDebugを実行します。

詳細は、CodeWarriorインストールディレクトリの、Targeting_PA_Processors.pdf から、
(Under Freescale/CodeWarrior_PA_10.5.1/PA/Help/PDF) 
section 6.1.2 Debugging Multiple Cores to debug multiple cores に記載しています。