USB のペリフェラルクロックは、
SCFG_USB_REFCLK_SELCR1/2/3の設定で[SYSCLK]と[DIFF SYSCLK]が選択されます。
SCFG_USB_REFCLK_SELCR1/2/3の設定は、RCWファイル(**.rcw)のPBIの記述で設定します。
例えばNXP社のLS1046A評価ボードであるLS1046ARDBのRCWファイルには、
#include <usb_phy_freq.rcw> の記述があります。
更にこの、usb_phy_freq.rcw ファイルには以下の記述があります。
write 0x570418, 0x0000009e
write 0x57041c, 0x0000009e
write 0x570420, 0x0000009e
この記述により、起動時に[DIFF SYSCLK](差動のクロック)が選択されてます。
もし、[SYSCLK](シングルエンドのクロック)を使用する場合には、以下の記述に変更します。
write 0x570418, 0x0000009c
write 0x57041c, 0x0000009c
write 0x570420, 0x0000009c