LS1046Aの[cfg_eng_use0]ピンと[cfg_eng_use1]ピンを基板上で設定する必要があります。
[cfg_eng_use0] =[0]、[cfg_eng_use1]=[1]と設定すると、差動入力のクロックにLS1046A内部の終端が有効になります。
(補足)
Table 4-12. Single oscillator source clock select に関連する説明があります。
[cfg_eng_use0]ピンは、Power On Reset時に基板上で以下の設定で切り替わります。
[0] :DIFF_SYSCLK/DIFF_SYSCLK_B
[1] :SYSCLK (single ended)
併せて、 [cfg_eng_use1]ピンは、4.4.5.4 Single Oscillator Source clock select には以下の説明があります。
cfg_eng_use1
Should be set to 1
NOTE: cfg_eng_use0 should be '0' for internal termination to be enabled.