Lattice DiamondのSpreadsheet ViewではIO TypeでLVDS25を選択し、制約ファイル*.lpfとして保存してください。
次に*.lpfをエディタで開き、そのバンクのVCCIO設定を以下のように3.3Vとして保存してください。
例)バンク1のピン"a1"および"a2"をLVDS33とする場合
DEFINE GROUP "bank1" "a1" "a2";
IOBUF GROUP "bank1" IO_TYPE=LVDS25 BANK=1;
BANK1 VCCIO 3.3 V;