2022年3月現在、最新のS32K3向けのアップデート(3.4.3_D2112)を行った状態でも、S32DSに内蔵されているJLinkソフトウェアのバージョンがv6.42aと古くS32K3に対応しておらずJLinkを使ってデバッグできません。そのため、Segger社のWebサイトから最新版のJLinkソフトウェアをインストールする必要があります。
S32DSにS32K3向けのアップデートをすると保存される下記のPDFの3ページに従い設定をしてください。JLinkソフトウェアをインストール後にS32DSの各プロジェクトのJLinkのデバッグ設定で、インストールした場所にあるJLinkGDBServerCL.exeのパスを設定します。
参照
C:\NXP\S32DS.3.4\Release_Notes\S32K3xx_Development_Package_Release_Notes.pdf
-3ページ:2.3. Segger Integration
または、JLinkソフトウェアのインストール画面の最後で表示される"SEGGER J-Link DLL Updater V7.xx"という画面で、NXP S32 Design Studio (DLL V7.xx in "C:\NXP\S32DS.3.4\Drivers\Segger")にチェックを入れてOKを押すと、S32DS内のDLLファイルが更新されデバッグ設定は変更することなくS32K3にデバッグ接続できるようになります。