KinetisのLPTMR(Low Power Timer)のカウンタを読み出すには、先ずLPTMRx_CNRレジスタに何らかの値を書き込み、現在のCNRレジスタのカウンタ値を同期させ、一時保持レジスタに転送させます。その後、LPTMRx_CNRレジスタを読み出すとカウンタ値を読み出すことができます。
次のようなプログラムでカウンタ値を読み出せます。
uint16_t cnr;
LPTMR0->CNR = 0;
cnr = LPTMR0->CNR;
尚、バスクロックがLPTMRが動作するクロックより2倍未満の場合、正しく読み出すことができません。
詳細は、リファレンスマニュアルのLPTMR counterを参照ください。