XECCやMECCを有効にするためには、AN13204のTable 3に記載されているレジスタの設定だけでは不足しており、ヒューズを書き込みXECCやMECCをアクティブにする必要があります。AN13204のTable 3は、ヒューズを設定した場合にBootROMが自動的にレジスタを変更するレジスタの説明で、これらのレジスタを設定するだけでECCを有効にできることを意味していません。
下記のメモリ領域のECCを有効にするためには、それぞれ対応したヒューズの設定が必須です。
0x840[2] : (MECC) OCRAM1/OCRAM2, Cortex-M4のLMEM
0x840[3] : (XECC) SDRAM, SRAM, FlexSPIなど
0x840[15] : FlexRAM OCRAM
なお、FlexRAM TCMについては、FLEXRAMのFLEXRAM_CTRLレジスタのbit 5 TCM_ECC_ENをセットするだけでECCを有効にできます。
ヒューズの概要については、下記FAQを参照してください。