EC1(eTSEC1)とEC2 (eTSEC 2)のいずれかを MIIに設定した場合、EC3(eTSEC 3)が使用出来ません。
３つのeTSECを使用したい場合には、NXP社評価ボードのTWR-LS1021Aのように、SGMII IF 等と併せて使用してください。

(補足)
LS1021 Reference Manual の、eTSEC Ethernet complex:　には以下の記載があり、eTSEC3は RMIIか RGMIIにて使用できます。
• eTSEC1 and eTSEC2: MII, RGMII, SGMII
• eTSEC3: RMII, RGMII

 

しかし、LS1021 Data Sheet の、Table 1. Pinout list by bus　から、Ethernet Controller 3　に関連する以下のピンが、MIIの場合のEC1とEC2と兼用ピンとなり、指定できなくなります。
（EC1とEC2のMII IFで使用するピンは、EC3のRMIIとRGMIIで必要となる 各ピンと兼用ピンであり、いずれかしか選択できません。）

 

EC3_GTX_CLK/GPIO4_01/EC2_TX_ER/FTM3_CH0/EC3_TX_CLK
EC3_GTX_CLK125/GPIO4_02/EC2_COL/USB2_DRVVBUS/EC3_RX_ER
EC3_RXD0/GPIO4_06/TSEC_1588_TRIG_IN2/EC2_CRS/FTM3_CH2
EC3_RXD2/GPIO4_04/EC1_COL/FTM3_EXTCLK

 

このため、EC3は使用できなくなります。