データシートやユーザーマニュアルに記載されている通り、ADC0_1とSWDCLKはPIO0_11、ADC0_2とSWDIOはPIO0_12を使用します。
SWDによりデバッグするためには、SWDCLKとSWDIOが必要ですので、ADC入力チャネルは10チャネルとなります。
SWDでのデバッグが完了した後、ADC入力を12チャネルに増やすことは可能です。