リンカファイルxxxx_Debug.ldで次の設定があり、FILLで0x00を指定しているため、未使用領域が0x00になります。
SECTIONS
{
/* Image Vector Table and Boot Data for booting from external flash */
.boot_hdr : ALIGN(4)
{
FILL(0x00)
__boot_hdr_start__ = ABSOLUTE(.) ;
. = 0x400 ;
__flash_conf_hdr_start__ = ABSOLUTE(.) ;
FILLで指定する値を0xFFに変更することで未使用領域を0xFFに設定できます。
尚、xxxx_Debug.ldを編集する場合は、プロパティの設定変更が必要です。
プロパティの設定変更方法については、次のFAQを参照ください。