Comparatorのヒステリシス機能が原因の可能性が考えられます。
Comparator入力のヒステリシスは、シュミットトリガ構成で実現されており、
Comparatorの出力とComparatorの非反転入力との間(COMPxA側)に100kΩ程のフィードバック抵抗が存在します。
フィードバック抵抗はデフォルトで有効になっており、これにより非反転入力(COMPxA側)に電圧が印可されます。
ヒステリシスを無効にするオプションがあり、これによりフィードバック抵抗を無効にすることが可能です。
下記の通り、COMPHYSTCTLレジスタのCOMP3_HYST_DISABLEビットを1にします。
AdcRegs.COMPHYSTCTL.bit.COMP3_HYST_DISABLE = 1;
COMPHYSTCTLレジスタについての詳細は、下記を確認してください。
8.12.7 Comparator Hysteresis Control Register